Genshiken é a abreviação de "Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai" (Sociedade para estudo da cultura moderna visualmente dirigida), um grupo universitário com o objetivo de estudar a cultura visual moderna, ou seja: Animes, mangás e video-games.

Sasahara Kanji é um calouro que decide entrar para o Genshiken, seu interesse inicial são pelos doujinshis (mangás eróticos) e ele não admite que é otaku, mas ao longo do tempo vivendo histórias com os membros do grupo o fazem mudar sua visão sobre o estilo de vida otaku, e não só a visão dele, como de outros...